El FC Cartagena compite en esta temporada en el Grupo III de la Segunda División «B». Además, participa en la Copa del Rey y Copa RFEF.
TEMPORADA 1999-2000
Plantilla – Clasificación – Resumen
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SEGUNDA DIVISIÓN 'B' GRUPO III
| Dom 29 Ago, 20:30 | H |  | Terrassa FC | 0 - 0 |
| Dom 05 Sep, 21:30 | A |  | Ontinyent CF | 0 - 1 |
| Dom 12 Sep, 20:00 | H |  | CE Premià | 4 - 0 |
| Dom 19 Sep, 19:00 | A |  | Hércules de Alicante CF | 0 - 0 |
| Dom 26 Sep, 12:00 | A |  | RCD Mallorca «B» | 0 - 0 |
| Dom 03 Oct, 17:30 | H |  | Lorca CF | 1 - 2 |
| Sáb 09 Oct, 19:00 | A |  | CF Gandía | 1 - 2 |
| Mar 12 Oct, 18:00 | H |  | Valencia CF «B» | 0 - 0 |
| Dom 17 Oct, 17:00 | A |  | CE Sabadell FC | 0 - 0 |
| Dom 24 Oct, 17:30 | H |  | UE Figueres | 2 - 0 |
| Dom 31 Oct, 17:00 | A |  | Gimnàstic de Tarragona | 2 - 0 |
| Dom 07 Nov, 17:00 | H |  | CE L’Hospitalet | 1 - 0 |
| Dom 14 Nov, 17:00 | A |  | Novelda CF | 1 - 1 |
| Dom 21 Nov, 17:00 | H |  | Real Murcia CF | 2 - 0 |
| Dom 28 Nov, 16:45 | A |  | Yeclano CF | 1 - 2 |
| Dom 05 Dic, 17:00 | H |  | CD Castellón | 1 - 0 |
| Dom 12 Dic, 16:00 | A |  | UD Alzira | 0 - 0 |
| Dom 19 Dic, 17:00 | H |  | FC Barcelona «B» | 2 - 1 |
| Mié 05 Ene, 20:00 | A |  | UDA Gramenet | 3 - 3 |
| Dom 09 Ene, 17:00 | A | | Terrassa FC | 2 - 4 |
| Dom 23 Ene, 12:00 | A | | CE Premià | 2 - 2 |
| Dom 30 Ene, 17:00 | H | | Hércules de Alicante CF | 0 - 1 |
| Dom 06 Feb, 17:00 | H | | RCD Mallorca «B» | 1 - 1 |
| Mié 09 Feb, 21:00 | H | | Ontinyent CF | 0 - 3 |
| Dom 13 Feb, 17:00 | A | | Lorca CF | 1 - 3 |
| Dom 20 Feb, 17:00 | H | | CF Gandía | 0 - 0 |
| Sáb 26 Feb, 16:30 | A | | Valencia CF «B» | 0 - 0 |
| Dom 05 Mar, 17:00 | H | | CE Sabadell FC | 1 - 2 |
| Dom 12 Mar, 17:00 | A | | UE Figueres | 1 - 1 |
| Dom 19 Mar, 17:30 | H | | Gimnàstic de Tarragona | 0 - 1 |
| Dom 26 Mar, 12:00 | A | | CE L’Hospitalet | 1 - 0 |
| Dom 02 Abr, 17:30 | H | | Novelda CF | 1 - 0 |
| Dom 09 Abr, 18:00 | A | | Real Murcia CF | 1 - 1 |
| Vie 14 Abr, 18:00 | H | | Yeclano CF | 1 - 2 |
| Dom 23 Abr, 17:00 | A | | CD Castellón | 1 - 0 |
| Dom 30 Abr, 18:00 | H | | UD Alzira | 2 - 1 |
| Sáb 06 May, 18:00 | A | | FC Barcelona «B» | 5 - 1 |
| Dom 14 May, 18:00 | H | | UDA Gramenet | 1 - 0 |
COPA DEL REY
| Mié 01 Sep, 21:00 | A | | Lorca CF | 1 - 0 |
COPA RFEF
| Jue 23 Mar, 20:00 | A | | Real Murcia CF | 3 - 1 |
| Jue 30 Mar, 18:00 | H | | Real Murcia CF | 1 - 1 |
Partidos amistosos y de pretemporada.
06/08/1999. CD Alhameño 1-3 Cartagonova FC.
07/08/1999. CD Bullense 2-2 Cartagonova FC.
10/08/1999. Cartagonova FC 1-2 Elche CF – CARABELA DE PLATA. Gol de Keko.
11/08/1999. Cartagonova FC 2-2 Levante UD – CARABELA DE PLATA. Goles de Coco y Alberto García.
16/08/1999. Caravaca CF 1-3 Cartagonova FC. Goles de Coco y Manolo (2).
18/08/1999. Olímpico de Totana 1-0 Cartagonova FC.
21/08/1999. AD Mar Menor – Cartagonova FC.
15/03/2000. Águilas CF 1-3 Cartagonova FC. Goles de Sergio Gil (2) y Walter Pico.