El FC Cartagena compite en esta temporada en el Grupo III de la Segunda División «B». Además, participa en la Promoción de Ascenso a Segunda División y en la Copa del Rey.
TEMPORADA 1998-1999
Plantilla – Clasificación – Resumen
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SEGUNDA DIVISIÓN 'B' GRUPO III
| Dom 30 Ago, 20:30 | H |  | RCD Espanyol «B» | 2 - 1 |
| Sáb 05 Sep, 16:00 | A |  | CF Gandía | 1 - 3 |
| Dom 13 Sep, 19:30 | H |  | Palamós CF | 2 - 1 |
| Dom 20 Sep, 11:45 | A |  | UDA Gramenet | 1 - 1 |
| Dom 27 Sep, 12:00 | A |  | CE L’Hospitalet | 0 - 1 |
| Dom 04 Oct, 18:30 | H |  | Real Murcia CF | 0 - 0 |
| Dom 11 Oct, 17:30 | A |  | Benidorm CD | 0 - 2 |
| Dom 18 Oct, 17:30 | H |  | UE Figueres | 3 - 1 |
| Dom 25 Oct, 17:00 | A |  | CD Castellón | 0 - 0 |
| Dom 01 Nov, 17:30 | H |  | Elche CF | 0 - 0 |
| Dom 08 Nov, 17:00 | A |  | CE Sabadell FC | 2 - 0 |
| Dom 15 Nov, 17:00 | H |  | Gimnàstic de Tarragona | 1 - 0 |
| Dom 22 Nov, 17:00 | A |  | Terrassa FC | 2 - 1 |
| Dom 29 Nov, 17:00 | H |  | Águilas CF | 4 - 0 |
| Sáb 05 Dic, 16:45 | A |  | Yeclano CF | 1 - 1 |
| Dom 13 Dic, 17:00 | H |  | Ontinyent CF | 2 - 0 |
| Dom 20 Dic, 12:00 | A |  | CF Gavà | 2 - 1 |
| Dom 03 Ene, 17:00 | H |  | Valencia CF «B» | 1 - 0 |
| Sáb 09 Ene, 21:00 | A |  | Levante UD | 1 - 1 |
| Dom 17 Ene, 12:00 | A | | RCD Espanyol «B» | 0 - 4 |
| Dom 24 Ene, 17:00 | H | | CF Gandía | 1 - 0 |
| Dom 31 Ene, 17:00 | A | | Palamós CF | 2 - 1 |
| Dom 07 Feb, 17:00 | H | | UDA Gramenet | 1 - 0 |
| Dom 14 Feb, 17:00 | H | | CE L’Hospitalet | 3 - 2 |
| Dom 21 Feb, 12:00 | A | | Real Murcia CF | 0 - 1 |
| Dom 28 Feb, 17:00 | H | | Benidorm CD | 1 - 1 |
| Dom 07 Mar, 17:00 | A | | UE Figueres | 1 - 1 |
| Dom 14 Mar, 17:00 | H | | CD Castellón | 1 - 0 |
| Dom 21 Mar, 17:00 | A | | Elche CF | 3 - 0 |
| Vie 26 Mar, 17:30 | H | | CE Sabadell FC | 2 - 0 |
| Dom 04 Abr, 17:00 | A | | Gimnàstic de Tarragona | 0 - 2 |
| Dom 11 Abr, 18:00 | H | | Terrassa FC | 0 - 0 |
| Dom 18 Abr, 18:00 | A | | Águilas CF | 2 - 1 |
| Dom 25 Abr, 19:00 | H | | Yeclano CF | 1 - 1 |
| Dom 02 May, 17:00 | A | | Ontinyent CF | 1 - 0 |
| Dom 09 May, 18:00 | H | | CF Gavà | 5 - 1 |
| Dom 16 May, 12:00 | A | | Valencia CF «B» | 1 - 1 |
| Dom 23 May, 18:00 | H | | Levante UD | 2 - 1 |
PROMOCIÓN DE ASCENSO A SEGUNDA DIVISIÓN
| Dom 30 May, 18:00 | A |  | Racing de Ferrol | 0 - 0 |
| Dom 06 Jun, 19:30 | H |  | Cultural Leonesa | 1 - 0 |
| Sáb 12 Jun, 21:00 | A | | Cultural Leonesa | 1 - 2 |
| Dom 20 Jun, 19:30 | H | | Racing de Ferrol | 2 - 0 |
| Dom 27 Jun, 20:00 | A |  | Córdoba CF | 2 - 0 |
| Mié 30 Jun, 21:15 | H | | Córdoba CF | 1 - 2 |
COPA DEL REY
| Jue 24 Sep, 21:00 | H | | Levante UD | 0 - 2 |
| Mar 06 Oct, 22:00 | A | | Levante UD | 4 - 1 |
Partidos amistosos y de pretemporada.
01/08/1998. AD Mar Menor 0-0 Cartagonova FC.
05/08/1998. Lorca CF 0-6 Cartagonova FC.
08/08/1998. Olímpico de Totana 0-2 Cartagonova FC.
13/08/19998. UD Horadada 1-2 Cartagonova FC.
15/08/1998. CD Bullense 1-1 Cartagonova FC.
18/08/1998. Cartagonova FC 2-1 RCD Mallorca «B». Goles de Manolo (2).
19/08/1998. Cartagonova FC 0-0 Almería CF.
22/08/1998. FC Torrevieja 3-1 Cartagonova FC.